Pondok Pesantren Mahasiswa Universitas Islam Lamongan didirikan dan dikelola oleh Universitas Islam Lamongan melalui mekanisme pengangkatan pengelola Pondok Pesantren Mahasiswa pada Tahun 2015. Pondok Pesantren Mahasiswa Universitas Islam Lamongan sebagai tempat pemondokan para mahasiswa yang berikhtiar untuk menggabungkan dimensi positif perguruan tinggi dan pesantren yang mempunyai kepentingan yang harus dicapai bersama-sama yaitu mewujudkan generasi unggul yang mempunyai penguasaan ilmu pengetahuan dan teikhnologi serta memiliki kepribadian dan moralitas yang baik.
Sejalan dengan pendirian tersebut universitas Islam Lamongan sebagai lembaga pendidikan Tinggi yang memiliki berbagai fakultas dengan berbagai disiplin keilmuan berusaha membangun paradigma baru dengan mengembangkan berbagai ilmu pengetahuan agama maupun pengetahuan umum secara bersama sebagai kesatuan yang terpadu, dengan menempatkan al-Qur’an dan al-Hadits sebagai sumber pengembangan keilmuwan. Atas dasar paradigma baru tersebut, maka ilmu-ilmu yang dikembangkan di Pondok Pesantren Mahasiswa Universitas Islam Lamongan adalah ilmu yang mampu membentuk pribadi mahasiswa dengan kualifikasi kelulusan sebagai ulama yang tafaqquh fi al-diin, dengan berbekal empat pilar utama yaitu: kemantapan aqidah dan kedalaman spiritual, keluhuran akhlaq mahasiswa, keluasan ilmu pengetahuan dan kematangan profesional